Scholes bị mắc bệnh hen và hội chứng viêm xương chày, một căn bệnh đầu gối có ảnh hưởng đến vận động viên trẻ.[98] Anh kết hôn với người yêu thời thơ ấu của mình,[16][99] Claire (nhũ danh Froggatt),[100] tại Wrexham vào tháng 2 năm 1999,[101] và họ có 3 đứa con, Arron, Alicia và Aiden.[102][103][104] Gia đình anh sống tại Saddleworth.[105]

Tính cách của Scholes ở ngoài sân cỏ đã được mô tả là "nhút nhát" [106] và lối sống của anh được xem là trái ngược hoàn toàn với lối sống của các cầu thủ bóng đá chuyên nghiệp điển hình.[107] trong một lần phỏng vấn hiếm hoi trước Euro 2004, Scholes đã mô tả một ngày lý tưởng của anh như sau: "Tập luyện vào sáng sớm, đón con từ trường, chơi đùa với chúng, uống trà, đưa lũ trẻ đi ngủ và sau đó xem TV một chút."[105]